初期設定
設定1
ゲームモードの選択
最大5個から選択可能。最初は「身の毛もよだつハサミ女の未解決事件」「部活動」でゲームの基本システムを覚えるのがおすすめ。ある程度ゲームの進め方が分かったら「カスタムプレイ」。高難易度が好きなマゾは「チャレンジ」をプレイ！
| レベル | タイトル | 詳細／備考 |
| ◆ | 身の毛もよだつハサミ女の未解決事件 | 初心者向け。主人公は田川 浩二（コウジ）。 1シナリオで終了するチュートリアルモード。 |
| ◆◆ | 部活動 | 主人公は高橋 愛子（アイコ）。 難易度「懐疑主義者（超イージー）」で灯台＝クリアまで挑める入門者向けモード。 |
| ◆◆ | クイックプレイ | 主人公はランダム。 各種設定がランダムで決まる上級者向けモード。 |
| ◆◆◆ | カスタムプレイ | 主人公は自由に選べる。 各種設定を自分で決める中級者向けモード。基本はこれ。 |
| ？？？ | チャレンジ | 特殊ルールでクリアを目指す高難易度モード。 |
クイックプレイの設定
| 戦闘 | 予期せぬ死（通常）：スタミナ/理性が1未満でゲームオーバー。 |
| 最後の抵抗（特殊）：スタミナ/理性が-5になるまで耐えることができる。 | |
| ランダム：上記からどちらかに設定。 | |
| 難易度 | 難易度を指定できる。 |
| ランダム：難易度がランダムに設定される。 | |
| タイムライン | タイムラインA：通常のイベント |
| タイムラインB：特殊なイベント | |
| ランダム：上記からどちらかに設定。 |
設定2
カードパックの選択
ゲーム内に登場するコンテンツを追加する。
（追加コンテンツは実績を達成していくと徐々に増えていく。）
詳細はカードパック参照。
- オプションで自動設定が可能。
設定3
スーツケース（シード値の入力）
5文字のランダムな数値（シード）を入力する。
数値の組み合わせによってイベント傾向や敵の強さ等に影響していると思われる。
詳細は不明なので適当でOK。
- 特殊なシード値はこちら。
- オプションで自動設定が可能。
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設定4
A：探索者（主人公）の選択
性能・特徴が異なる人物から主人公（プレイヤー）を1人選ぶ。
詳細は探索者（主人公）参照。
- 迷ったら戦闘で活躍できる高橋 愛子（アイコ）がおすすめ。
- 初期から選べる候補はスタンダードな性能のキャラが揃う。
- 逆に追加キャラはクセが強い面々が揃っている。
B：バックストーリーの選択
最初は「恐怖の世界（特殊効果なにもなし）」しか選べないので気にする必要はない。
実績を解除していくと色々な種類が追加されていく。それぞれメリット／デメリットが追加される特殊な設定が選べる。
詳細はバックストーリー参照。
C：オプションその１
アイテムスタッツのシャッフル
オンにするとアイテムの性能／価格が変化する。
レベルアップ時のパーク
レベルアップ時のパークカードの出現条件が変更される。
通常時（オフ）だと主人公ごとに固有のパークが設定されているが、
オンにすると固有パークがなくなり、パーク習得が完全ランダムになる。
タイムライン
タイムラインをA（通常） | B（特殊） | X（ランダム）から設定可能。
Aでのみ発生／Bでのみ発生と背反しているイベントがあるので実績埋めを狙うなら両方をプレイする必要あり。
D：オプションその2
難易度選択
5種類の難易度から選択可能。
慣れないうちは最低難易度（Sceptic）でプレイして実績を解除していくのがおすすめ。
- 各難易度の詳細は難易度参照。
ランダム
探索者・バックストーリー・旧き神をランダムに選んでゲームを開始する。
- 以降の設定は省略される。
次へ進む
選んだ設定で次の画面へ。
設定5
ゲームモードの選択
カスタムモードのみより詳細なゲームモードを選択可能。
最初はクラシック（通常モード）しか選択できない。
実績を達成していくとゲームモードが追加されていく。
- クラシック：通常のモード。5シナリオ → 灯台攻略が目標。
- エンドレス：ひたすら探索のみを続けるモード。
- シナリオ：（未実装）
設定6
旧き神の選択
ゲーム全体に影響するデバフ（嫌がらせ）を1つ選ぶ。
詳細は旧き神参照。
どれも一長一短。初心者なら呪文で破滅度増加の「アトゥ-ヨラズス」がおすすめ。
ゲームに慣れてきたら「クタク-アトラス：戦闘時に逃走できなくなる」が一番楽かも。
ゲームの開始
ここまでの設定が済んだらゲームが開始される。
- ある程度実績を埋めると都市計画が設定可能になる。