取り返しのつかない要素
取り返しが【つく】要素
中級職でのジョブ分岐
最終的には全ジョブの習得が可能なのでどちらを選んでも問題なし。
（片側の上級職をマスターとするともう一方の中級職に転職できる。）
ただし、メインストーリー中は最初に選んだジョブルートでの攻略になるため、各ユニットの使用感に影響する。難易度的にはけっこう重要（だいたいメインストーリークリア前後で1個目の上級職をマスターできる）。
シミュレーターと航海記の宝箱
バトルシミュレーターとアステリズム航海記は何回でもプレイできるので宝箱を取り忘れても問題なし。
エヴォル武器のダークサイド化
2022年4月28日のアップデートによりエヴォル武器がショップ販売に追加された。
4章以降からショップで購入可能になる。つまり一品武器ではなくなった。なので改造時にダークサイド化してもライブラリ埋めに支障はでなくなった（エヴォル武器の最大強化品がライブラリ登録される。）
★7武器のダークサイド化
アステリズム航海記の終盤で★7武器もショップ販売に追加されるようになる。
なので、★7武器も改造でダークサイド化しても問題なし。
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取り返しのつかない要素
メインストーリーの宝箱
バトルシミュレーターでは宝箱が出現しない（もしくは別の宝箱に置き換わる）ので、メイン攻略時に回収しておかないと再回収不可。
宝箱全回収のトロフィーにも影響する。
- アステリズム航海記にも装備入り宝箱があるが、何度でもプレイできるので回収を忘れても問題なし。
艦内イベント
見逃したままメインを進めると消滅する。
資料館の「人物交流」の欄が埋まらなくなる。ライブラリ埋めに影響する可能性あり（人物交流がライブラリの「キーワード」に影響する可能性あり。）。