20XX年、東京日輪区。
世界規模のハザード「エンブリオ事件」は、特務隊エクスの活躍により終息。
派遣されていたエクス隊員も帰国し、平和な時の中で激戦の疲れを癒していた。
しかし、平和な時もすぐに終わりを迎える。
行方不明になった若者が、後に年老いた姿で発見される…
そんな「急老症」と呼ばれた怪事件が人々を恐怖させていた。
特務隊エクスはただちにこの事件の調査を開始する。
日輪学園に通っているとある生徒は、下校途中何者かによって拉致されてしまう。
連れ去られた先で目覚めると、そこは暗い迷宮都市。
そして謎の黒い騎士が襲いかかる。
しかし絶対絶命のその時、突如現れた特務隊エクスの隊長「佐伯空斗」に
窮地を救われる。
助け出された生徒は、その身に秘められた才能を見い出され、特務隊エクスにスカウトされた。
隊の仲間達、そして特務隊エクスの副隊長「水無瀬シズナ」とともに、怪事件の捜査が始まる…。