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「証券」メニューから証券市場に公開されている他社の株式を購入・売却することが出来る。
株式を持つことで以下のようなメリットがある。
今作では資金（現金）を現金のままで保持していても預金金利は得られないので、資金を運用する方法としての重要性が増えたといえる。
株式の価格は１日単位で変動が激しく、上手く価格の変動を見極めれば短期間で高収益を稼ぐこともできる。
とはいえ株式の売買のみで利益を出すには、それなりに株価を細かく注視する必要がある。本業の鉄道経営がおろそかにならない程度に抑えておくべきだろう。
「証券」メニューで株式の取引を開始することが出来る。
この時上画面で平均株価の推移がグラフ表示され、証券社員（桜田麻衣）が相場の寸評をコメントしてくれる（難易度いばらの道ではコメントはない*1）。
また、下画面に一覧表示される各銘柄をタッチしたときにはグラフ、コメントはその銘柄のものに切り替わる。
株式は銘柄ごとに一日に取引（購入／売却合わせて）できる最大流通量が決められている。
詳しくは下記「流通量について」を参照。
下画面では株式銘柄の一覧が一覧表示され、株式購入／売却の際に参考になるデータと一緒に確認することが出来る。
下画面にある「株式銘柄／保有株」のボタンをタッチすることで下画面の一覧表示の内容を切り替える事が出来る。
どちらのリストからも株式購入が可能。また、既に購入し保有している銘柄はどちらのリストからも売却することが可能。
株主優待のある銘柄はこのボタンをタッチすることで優待内容の具体的な内容を確認できる。
このボタンを押し表示を有効にすると、全銘柄及び保有銘柄の前日比上昇／下落率が上画面（カレンダーの下部分）に常時表示されるようになる。
※あくまで全体的な表示なので個別の銘柄に関しては表示されないので注意。
リストから銘柄を選択し、「購入」ボタンをタッチすると株式を購入することが出来る。
既に所持している株式銘柄をリストから選択し、「売却」ボタンをタッチすると売却することが出来る。
前作（A列車で行こうDS）では取引できる株数を全て売却する仕様で売却株数の具体的な指定は出来なかったが、
今作では売却株数を購入時と同様に１万株単位で指定することが可能になった。
なお、購入所持していない株式銘柄を売却する「空売り行為」は行えない。
購入できる株式銘柄は以下のとおり。銘柄名は前作（A列車でいこうDS）と共通だが、一部の銘柄の流通量が増えて（小→中、中→大）いたり、新たに株主優待が設定された銘柄もある。
開始時の株価はシナリオによって差異があるが、流通量は全シナリオ共通の模様。
※会社名の後に ★ のついている銘柄は株主優待制度のある銘柄。株主優待については下の項目を参照。
| 銘 柄 | 優待 | 流通量 |
| 明日乃食品 | 小 | |
|---|---|---|
| 帝クレ紡績 | 中 | |
| 北三子パルプ | 中 | |
| 旭花生化学 | 中 | |
| 武共製薬 | 大 | |
| 新貝殻石油 | ★ | 中 |
| 橋横ゴム | 中 | |
| 日東坂セメント | ★ | 中 |
| 柔らか金属 | ★ | 大 |
| 軽古マテリアル | 中 | |
| 幕府重工 | 大 | |
| ループ電機 | 小 | |
| 川井島造船 | 中 | |
| 世界自動車 | ★ | 大 |
| 突飛工業 | 小 | |
| ナイコン精機 | 小 | |
| 大鉄板印刷 | 小 | |
| 海川水産 | 中 | |
| 大突貫建設 | ★ | 中 |
| 御三家商事 | 大 | |
| 新宿百貨 | 小 | |
| 超合体銀行 | ★ | 大 |
| 大日村証券 | ★ | 大 |
| 陸海空保険 | 中 | |
| 三々住不動産 | ★ | 大 |
| 東西京鉄道 | ★ | 中 |
| 鳥猫運輸 | ★ | 中 |
| 大江戸海運 | ★ | 中 |
| ＪＰＮ空運 | 中 | |
| 三財閥倉庫 | 小 | |
| グローバル電話 | 大 | |
| 全部電力 | ★ | 大 |
| パッチョガス | ★ | 中 |
| マイクロ警備 | 中 |
株式の中には100万株以上保有することで株主優待制度を受けられる銘柄がある。
優待内容はさまざまなものがあるが、経営上の費用をカットできる内容のものがほとんどである。
経営の仕方にもよるが、年間億単位でコストを軽減できるものもあるので無視するのはもったいない。
自社の保有資産の状況に応じて活用してみよう。
特に、クリア条件の達成に直接役立つもの（湖水に映る街の全部電力など）は非常に有用である。
10億円で取得した優待株を保有し続けて年間1億円の費用を削減するのと、
10億円で子会社を建てて年間1億円の利益（=売上-費用）を得るのは、ほぼ同じ効果。
優待を取得する際は、他にもっと有効な資金の使い道がないか検討するとよい。
| 銘 柄 | お勧め度 | 優 待 内 容 | 備 考 |
| パッチョガス 新 | ★★★ | 駅の運営費２％カット | 経営の要である鉄道事業の増益に直接的に効果がある。 特に駅ビルや地下駅など多額の運営費がかかる駅を使用する頃には恩恵が大きくなるだろう。 運営費の安い地上駅や貨物駅などしか使っていない序盤は購入を後回しにしてよい。 |
|---|---|---|---|
| 全部電力 | ★★★ | 列車・路面電車の運行費３％カット | 経営の要である鉄道事業の増益に直接的に効果がある。 積極的に取得すべきだろう。 |
| 大江戸海運 | ★～★★ | 貨物船からの資源買付費用３％カット | 今作では外部からの資源買付が価格上も有利になるケースが多々あり、重要性は増したといえる。 ただし年代の古いシナリオでは貨物船の買付け先である海外価格は高く、輸入には極めて不利なケースが多い。 海外に資源を売却する際には恩恵はなく、購入しない場合も当然恩恵は皆無 |
| 鳥猫運輸 | ★★★ | トラックによる隣街からの資源買付費用３％カット | 序盤から大きな利益を狙える資源関係をさらに高利益率化する。 より恩恵を受けようと大量に買付けすると、価格高騰により利益が減る本末転倒の結果になる。 トラックは貨物列車ほどの輸送量はないが、価格高騰を招かない程度の量なら問題ない。 隣街に資源を売却する際には恩恵がないので注意すること。 |
| 東西京鉄道 | ★★★ | 貨物列車による隣街からの資源買付費用３％カット | 序盤から大きな利益を狙える資源関係をさらに高利益率化する。 より恩恵を受けようと大量に買付けすると、価格高騰により利益が減る本末転倒の結果になる。 少量の買付けではコスト面で有利なトラックにやや分がある。 複数の隣街に接続線路を敷き相場の状況によって仕入先を変えるなどの細かな運用を行えば鳥猫運輸よりも大きな収益を期待できる。 隣街に資源を売却する際には恩恵がないので注意すること。 |
| 三々住不動産 | ★ | 用地売買時、手数料１％カット （土地価格の３％→２％） | 土地買収時／売却時両方で優待適用される。 カットされるのは「売買手数料（費用）」なので固定資産税は節税できない。 序盤では優待取得コストの割に効果が今ひとつ（年代の古いシナリオでは特に）。 クリア後も開発を続ける場合に真価を発揮する。 |
| 大日村証券 | ★～★★ | 株式売買時、手数料１％カット （評価額の２％→１％） | 株式の購入／売却時両方で優待適用される。 積極的な売買で売却益を狙うなら必須。 株の売買をするときだけ恩恵を受けられるので、株取引前に購入してすぐ売却してもよい。 |
| 超合体銀行 | ★★ | 銀行融資依頼時融資利率１％カット | ゲーム初期に借入金の利息を低くできるのは魅力的。 優待取得前に借りていた融資には適用されないので注意。 融資を受けた後は恩恵がなくなるので、融資前に購入してすぐ売却してもよい。 |
| 大突貫建設 | ★★★ | 子会社の建設時、建物価格５％カット | 建設費の削減及び固定資産税の節約が期待できる。 特に100億円を越えるような高額物件の建築前にはぜひ取得しておきたい。 |
| 世界自動車 | ★★ | バス、トラックの製造価格５％カット | 車両価格カットにより固定資産税も節約できる。 道路輸送を活用するなら取得して損はない。 恩恵を受けるのは車両の製造時だけなので、製造前に購入してすぐ売却してもよい。 |
| 柔らか金属 新 | ★★～★★★ | 列車の製造価格５％カット | 車両価格カットにより固定資産税も節約できる。 鉄道車両は購入金額も高く、新車両開発などで買い換える機会も多いので 世界自動車よりも恩恵は大きいといえる。 恩恵を受けるのは車両の製造時だけなので、製造前に購入してすぐ売却してもよい。 |
| 日東板セメント 新 | ★★ | 他社工場からの資材買付費用３％カット | 資材のみ。資源全体ではない。 他社工場から資材を購入する場合は経費節約となる。 資材工場は収益率が良いので、他社工場が少ない内は、この株にではなく工場建設に資金を使う方がよい。 |
| 新貝殻石油 | ★ | バス、トラックの運行費３％カット | 列車に比べ車両の運行費は低い。 別の資産を取得した方が収益の増加に寄与するだろう。 恩恵を受けられるほど車両を増やすと、ゲームが重くなるという別の問題が生じるのも悩みどころ。 |
事業プラン「株式公開」を実行後は自社の銘柄がリストに追加される。ただし、株価の推移を見ることが出来るだけで、既に発行した株式を「買い戻す」ことは出来ない。
自社株の株価が高ければ、公募増資によって得られる資金の量も増す（ただし配当時にはより多くの資金を配当に当てる必要が生じるので注意）
詳しくは自社株式を参照。
株式には銘柄ごとに「流通量」が設定されており、１日に取引（購入／売却あわせて）出来る量が制限されている。必然的に「流通量」が１回の株式購入で買える株数の上限となる。
今作では「小／中／大」での区分はなく流通量がグラフで表示されているが、少なくともシナリオ開始時は下の３種に分かれており、前作の仕様を引き継いでいるものと思われる。
株式分割・株式統合が行われると、流通量が変化する。（詳細は株式分割・株式統合についてに）
流通量・小 → 100万株／日（5000万円～500億円）
流通量・中 → 300万株／日（1億5000万円～1500億円）
流通量・大 → 1000万株／日（５億円～5000億円）
例えば、9:00に流通量100万株の株式を100万株買ったら、その日はその銘柄株を手放すことが出来なくなる。
購入量を「流通量」の半分にしておけば、買ったその日に売ることが出来る。
例：9:00に流通量300万株の銘柄の株式を150万株買って、15:00にその銘柄を150万株全て売る事は可能。
株式分割によって保有株数が増えていたり、すでに株式購入で取引量を一部消費しているなど、流通量制限で全株式を一度に売却できなくなる事態が発生することがある。
（ゲーム上では）株価が変動しすぎた銘柄を適正範囲内に戻すためのシステム。
注意点は統合が起こると持ち株数も減るので、株主優待が受けれなくなる可能性がでてくること。
ちなみに分割統合は自社株に対しても発生する。
史実に合わせてゲーム内でも実際に株価が下落したり、上昇したりする。値動きが急激なため分かりやすい。全ての銘柄に影響する。
