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特定の種別の子会社（建物）の建設に制限がかかる制度のこと。
例えば、「商業」に設定された用途地域には「工業」の子会社は建設不可能となる。
基本的にプレイヤーに不利になるシステムで、ゲーム開始時に用途地域のシステムの使用の有無が選択できる。
町にある建物がある産業に偏ると地域指定される。
（シナリオ4つクリア後に開放）
行政がランダムで設定する。
が、ある程度地域内の建物比率も影響しているようなので、意図的に子会社の種別を偏らせることで狙った用途指定にできる可能性はある。
例えば、工業系の子会社をたくさん設置すれば工業地域の指定を受けやすくなる。
逆に、用途地域の設定がなされている地域に他業種の建物が増えてくると、「無指定（用途地域の解除）」にできる場合もある。
森林や田畑だけに地域を作っておくとNPCが市街化調整区域の検討を開始し（行政情報に記載）、半年後に何も対策がなされない場合には市街化調整区域に移行する模様。
用途地域に指定されると、住所の後ろに(○○区域)と表示される。
市街化調整区域の場合、駅や停留所を大量に建設したり、住宅が増えると解除になることがある。
行政が産業誘致をしている地域に、助成対象物（線路、建物など）を建設すれば、建設費用の一部が「助成金」として、援助を受けることができる 。
この制度をうまく利用することで、建築に必要な資金を少なくすることができる。
ただし助成金につられて、意味も無しに建設すると、余計に損失が大きくなる。なので、立地が悪いところにガンガン建物を建てまくっても赤字になるだけ。
対象地域に助成対象物を建てようとすると、助成額が明細の部分に表示される。
なお、あくまでも建設費の助成なので、建物等の固定資産税の節税にはならない上に、助成金は収入として計上される(当然法人税の対象になる)。
助成開始日、助成期間、対象地域、対象産業、助成割合はランダムな様子。
同じシナリオでもセーブ＆ロードのし直しで変化する。
助成が始まると、開始月の1日の午前8時にお知らせが入る。
助成金は助成対象物の本体価格だけではなく、
建設の際に取得する土地代・租税公課・手数料を全て含めた支出合計に対しての割合で交付される。
助成割合の範囲は15％～85％と幅が広い（要検証）。
（建物などの助成が15%～50% 道路などの助成は30～75%）
助成対象物を建てたときに助成金が支払われるわけではない。
線路や道路はいずれ延伸する予定がある場合は、これらが助成対象になったときは積極的に建設してもよい。
線路は総延長を伸ばすことで公共交通機関利用率を伸ばすこともできるので、うまく活用していきたいところ。
対象地域に助成対象の建物を建てやすくなることで、その産業比率を伸ばしやすくなる。
助成の範囲が土地も含めた価格になるので、一等地など地価の高いところに建設するとより恩恵を受けやすい。
しかし概要にもあるように、むやみに建設しても意味がないが、建物価格が高い建物などを建てたいときは、
助成金の存在は大きなチャンスになるはず。
助成の範囲は土地を含めた価格なので、例えば、商業施設の助成が受けられる地域があり、
その地域内にある土地を購入するとき、もしその土地が高額で子会社や公共施設が立っていない場所なら、
駐車場Aを買いたい土地に立てると良い。その後駐車場を撤去する。すると駐車場の建設費だけでなく土地代まで助成されるため、土地の購入費用が助成されるということになる。
駐車場の建設費＋撤去費用より助成金の方が大きければ、この活用法の効果がある。
ほかにもこの方法は地上道路などでもできる。
なかなか買いたい土地の地域が助成されないと思うが、活用すると良い。
これを活用した土地転がしにも期待できる。
自治体昇格について参照。
